Kawasan Hutan Raya Ir. H. Djuanda merupakan hutan alam sekunder dan hutan tanaman yang terdiri dari tumbuhan tinggi dan tumbuhan rendah. Untuk tumbuhan tinggi didominasi oleh jenis pinus (Pinus Merkusii) sedangkan untuk tumbuhan rendah didominasi oleh tumbuhan lumut dan pakis, sehingga berfungsi sebagai laboratorium alam (arboretum). Hutan tanaman mulai dikembangkan tahun 50-an, namun karena tumbuhnya pada lahan berbatu, diameternya relatif kecil. Pada Tahun 1963 ditanam jenis tumbuhan kayu asing berasal dari luar daerah dan luar negeri di lahan seluas 30 hektar yang terletak sekitar Plaza dan Goa Jepang.

Hutan dikawasan ini merupakan vegetasi campuran yang terdiri dari 40 famili, 112 species dintaranya yang berasal dari luar negeri seperti sosis (Kagelia aethiopica) dari Afrika, Mahoni Uganda (Khaya anthoteca) dari Afrika Barat, Pinus Meksiko (Pinus Montecumae) berasal dari Meksiko, Cengal Pasir (Hopea odorata)dari Burma, Cedar Hodura (Cedrela maxicum M Roem) dari Afrika Tengah dan lain sebagainya, sedangkan yang berasal dari dalam negeri diantaranya: Pinus (Pinus merkusii jung), Bayur Sulawesi (Pterospermum celebicum) dari Sulawesi, kayu manis (Cinnamonum burmanii) tumbuhan dari Jawa Barat, beringin (Ficus benyaminna) tumbuh di Jawa Barat, Damar (Agathis damara) dari Maluku, Cemara Sumatra (Casuarina sumtrana) dari Sumatra, dan lain lain.

1. Pinus
   Merupakan koleksi flora yang mendominasi hampir di seluruh kawasan Hutan Raya Ir. H. Djuanda, pertumbuhannya menyatu dengan tumbuhan lain keberadaannya telah memiliki umur yang cukup tua, karena kawasan ini dilindungi dan terjaga. Nama botani pinus adalah Pinus merkusii jung, termasuk keluarga Pinaceae, daerah penyebaran berasal dari Sumatra Utara dan Aceh yang dapat tumbuh subur di daerah tropi pada ketinggian 500 – 2.000 m dpl. Tinggi pohon pinus bisa mencapai 65 m, diameter mencapai 145cm.

2. Mahoni Uganda
   Mahoni Uganda merupakan koleksi flora yang tumbuh dengan sempurna di kawasan Hutan Raya Ir. H. Djuanda, yang memberikan ciri khas tersendiri. Selain jarang dijumpai di kawasan yang lain, tumbuhan ini memiliki batang pohon dengan diameter yang cukup lebar diantara tumbuhan koleksi yang lainnya. Nama botani Mahoni Uganda adalah Khaya Antoceca termasuk keluarga Meliacae daerah penyebarannya berasal dari Afrika Barat. Tinggi pohon Mahoni Uganda bisa mencapai 54 m, diameter mencapai 120 cm.

3. Damar
   Damar merupakan koleksi flora sekitar Taman Hutan Raya Ir. H. Djuanda terutama sekitar Goa Jepang, selain penanamannya teratur dan tersusun rapi pohon ini memiliki daun dan ranting yang sangat indah dan sejuk. Nama botani Damar adalah Agathis damara termasuk keluarga Araucariaceae, daerah penyebarannya berasal dari Maluku yang dapat tumbuh dengan ketinggian 10 – 1.000 m dpl. Tinggi pohon Damar ini bisa mencapai 60 m, diameter mencapai 110 cm.

4. Kayu Manis
   Kayu Manis merupakan koleksi flora di kawasan Taman Hutan Raya Ir. H. Djuanda. Pohon ini dapat kita jumpai di sepanjang jalan setapak antara Pakar – Maribaya, yang memberikan kesan indah sekitar  kawasan. Daun kayu manis yang masih muda tumbuh berwarna kemerah-merahan, akan memberikan kesan tersendiri yang berbeda dengan tumbuhan lainnya, nama botani kayu manis adalah Cinnamonum burmanii termasuk keluarga  Lauraceae, daerah penyebarannya berasal dari Jawa Barat yaitu dari Cianjur, Sukabumi dan Bogor. Kayu manis ini dapat tumbuh dengan ketinggian 10 – 1.000 m dpl. Tinggi pohon bisa mencapai 25 meter dan diameternya mencapai 30 cm.

5. Beringin
   Di kawan Taman Hutan Raya Ir. H. Djuanda, selain tumbuhan koleksi, banyak juga dijumpai di beberapa tempat yaitu pohon beringin yang sudah berumur tua, memberikan kesan terhadap kawasan yang terjagadan terlindungi dari perambahan hutan dan menunjukan bahwa kawasan ini hutan lebat yang berumur cukup tua. Nama botani beringin adalah Ficus benyamina termasuk keluarga Moraceae, tinggi pohon beringin ini bisa mencapai 50 meter dan diameternya 200 cm.

6. Cemara
   Salah satu koleksi flora di kawasan Hytan Raya Ir. H. Djuanda yaitu cemara Sumatra. Nama botani Cemara Sumtra adalah Casuarina sumtrana termasuk keluarga Casuarinaceae, daerah penyebarannya berasal dari Jawa Barat yaitu Bogor, Pandeglang, dan Bandung. Cemara Sumtra ini dapat tumbuh dengan ketinggian 10 – 1.000 m dpl. Tingginya bisa mencapai 25 m dan diameternya mencapai 30 cm.

7. Kigelia
   Koleksi flora di Taman Hutan Raya Ir. H. Djuanda yang paling unik adalah Kigelia. Pohon Kigelia selama ini dikenal sebagai pohon hiasan, pohon Kigelia yang tumbuh di Taman Hutan Raya Ir. H. Djuanda memiliki nama botani Kigelia aethiopica termasuk keluarga Bignoniaceae, tumbuhan tersebut merupakan tanaman yang berasal dari negara Uganda yang dapat tumbuh subur di daerah tropis. Nama daerah dari pohon Kagelia aethopica adalah pohon sosis karena bentuk buahnya yang unik seperti sosis. Tinggi pohon Kagelia bisa mencapai 20-30 meter dan mempunyai banyak cabang dengan diameter batang ±100 meter, tidak berbanir dan kayunya berwarna coklat pucat atau kekuning-kuningan juga tidak mengelupas.

   Pohon Kigelia tumbuh pada tingkat curah hujan yang tinggi sepanjang tahun dan juga berganti daun setiap tahunnya pada musim kemarau yang panjang. Buah sosis selalu berbuah sepanjang tahun, sedangkan ciri buah sosis yaitu buahnya berserat dan bijinya mirip dengan biji semangka berwarna hitam tapi tidak bisa dikonsumsi.

8. Bunga Bangkai
   Keunikan lain dari koleksi flora Taman Hutan Raya Ir. H. Djuanda adalah  Bunga Bangkai (Amorphaphollus Titanium) hasil eksplorasi dari Bengkulu. Bunga Bangkai merupakan lungsian vegetatif sekitar 1 (satu) meter dan dapat menghasilkan bunga dengan ketinggian 22.5 meter. Setelah mekar bunga tersebut akan menebar bau busuk dalam beberapa hari dengan radius jangkauan mencapai 100 meter. Bau bangkai tersebut bertujuan untuk mengundang serangga datang kemudian bunga akan mengeluarkan zat asam untuk membunuh serangga tersebut sebagai proses untuk melnjutkan keturunan.

   Bunga Bangkai yang tumbuh kali ini termasuk ke dalam bunga yang endemik (hanya tumbuh di satu kawasan saja) dan langka. Sedangkan jenisnya titanium merupakan jenis yang tersebar dari jenis lainnya baik ukuran vegetatif (tumbuh daunnya) maupun generatif (bunganya). Vegetatifnya bisa mencapai 6 meter sedangkan generatifnya mencapai 3 meter.

   Bunga Bangkai yang pertama ditemukan pada tahun 1878 oleh seorang botanis berkebangsaan Itali yakni Dr. Odoado Beccari di Lembah Anai, Sumatra Barat, tersebut mempunyai nilai unik. Selain bunganya yang besar atau raksasa juga daur hidupnya ada tiga fase yaitu vegetatif, dorman dan generatif. Masa vegetatif bisa berlangsung sampai dua tahun, masa dorman bisa mencapai satu hingga tiga tahun. Sedangkan fase generatif bisa mencapai antara dua sampai tiga bulan. Jadi secara keseluruhan siklus generatifnya mencapai tiga tahun. Sementara itu habitatnya bunga bangkai  biasa tumbuh di lereng-lereng bukit bahkan pada kemiringan sampai 90 derajat dan akan tumbuh baik pada tanah gembur yang kaya akan humus. Manfaat bunga bangkai ini selain merupakan tanaman hias yang unik juga sebagai sumber karbohidrat, bahkan kandungan karbohidratnya bisa mencapai 85 persen yang mengandung vitamin A dan B lebih tinggi dari kentang.